ภาพยนตร์ที่บอกเล่าเรื่องจาก ยูกิ กับ ไคบะ สองเพื่อนรักที่พยายามความสามารถต้องการต่อสู้พิเศษก้าวมิติในเมืองแห่งหนึ่ง ซึ่งทำให้ ไคบะ ที่กำลังทำเรื่องของวิจัยเกี่ยวกับปริศนามิลเลนเนียมแต่แล้วมีชายแปลกหน้าลึกลับปรากฏตัวขึ้นศาลเจ้าใต้ดิน จนกระทั่งวันหนึ่งทำให้ ยูกิ เด็กหนุ่มกับกลุ่มเพื่อนของเขาอยู่ในปีที่สี่และปีสุดท้ายของโรงเรียนมัธยม จึงทำให้ โดมิโน่ ที่กำลังพูดถึงสิ่งบางอย่างพวกเขาจะทำในอนาคต จากนั้น ไคบะ ที่ตัดสินใจกำลังค้นหาเพื่อดึงปริศนามิลเลนเนียมได้ถอดประกอบจากซากชิ้นส่วนไปเป็นดวงวิญญาณของฟาโรห์เอเทมคู่ปรับเก่า หลังจากทำให้ไคบะ ที่เก็บของบางสิ่งเพื่อมอบให้กับ เซร่า น้องสาว และต้องการส่งต่อให้กับ ยูกิ มูโต้ ได้ความสามารถประกอบปริศนาขึ้นมาใหม่
